Biologie moléculaire
Personnel et localisation
Responsable technique et contact : Sophie Quinchard
Responsable scientifique : Magali Schweizer
Localisation : Angers
Présentation
Les foraminifères benthiques et d’autres protistes marins (diatomées, champignons filamenteux…) sont les groupes cibles du laboratoire LPG. Plusieurs thèmes de recherche sont abordés : identifications moléculaire (DNA barcoding) et morphologique des foraminifères et diatomées, phylogéographie des foraminifères benthiques, biodiversité et réseaux trophiques en milieux intertidaux et marins ouverts, interactions des foraminifères avec leurs kleptoplastes ou symbiontes, dynamique de colonisation des espèces de foraminifères exotiques, et utilisation de l’ADN environnemental (eDNA) comme bio-indicateur. Les techniques utilisées au laboratoire sont l’extraction d’ADN individuel (single cell) et environnemental (à partir du sédiment), l’amplification par PCR (amorces spécifiques foraminifères, eucaryotes, bactéries) et la préparation des échantillons (clonage, purification) aux séquençages Sanger et haut-débit.
Équipements
Le laboratoire est doté de l’instrumentation nécessaire pour effectuer les expérimentations usuelles de microbiologie conventionnelle et de biologie moléculaire. Il dispose d’un espace dédié à l’extraction d’ADN avec un bain-marie à sec et un cabinet PCR. Un autre espace est consacré à l’amplification d’ADN par PCR avec un deuxième cabinet PCR, un thermocycleur et une centrifugeuse. Le laboratoire possède également le matériel pour préparer et faire migrer les gels d’électrophorèse et cloner les échantillons. Un congélateur à -18°C permet de stocker les extractions d’ADN sur le long terme.
Thème associé
Financements
CNRS, Université Angers, OSUNA, Région Pays de la Loire, Agence de l’eau, Office Français de la Biodiversité