Offre d’un post-doctorat « Challenges for monitoring marine ecosystems using bio indicators based on benthic foraminifera »
Le projet porte sur l’acquisition d’images, l’apprentissage automatique pour l’identification automatique des espèces et des caractéristiques des foraminifères benthiques vivants.
Les objectifs du/de la post-doctorant.e seront de :
1. Améliorer le développement de l’acquisition automatique d’images de foraminifères benthiques vivants en utilisant deux méthodes : un système à faible coût basé sur une imprimante 3D combinée à une caméra permettant d’imager les spécimens colorés au rose Bengale et un système plus coûteux basé sur un scanner automatique couplé à une lumière épifluorescente permettant de photographier les spécimens vivants marqués avec une sonde fluorescente,
2. Former et valider des algorithmes d’apprentissage automatique sur la base d’un vaste ensemble de données de qualité contrôlée pour les différentes zones d’intérêt de l’étude,
3. Quantifier les principaux traits morphologiques,
4. Appliquer notre approche automatique à plusieurs études de cas dans le contexte d’une approche de biosurveillance réglementaire (DCE, DSFM) basée sur les foraminifères.
Ce post-doctorat de 18 mois est proposé dans le cadre du projet ANR BioIndic-IA portant sur « Deep learning for automatic image-based biomonitoring of aquatic ecosystems ». Ce projet global est supervisé par M. Laviale (LIEC, Université de Lorraine) en collaboration avec différentes institutions françaises (Université de Marseille CEREGE, Université d’Angers LPG…) et luxembourgeoises (LIST). La bourse post-doctorale est cofinancée par l’ANR et l’Université d’Angers.
Publié le 16 mai 2025