GéoMicrobiologie des sols

Objectifs et savoirs-faires:  

La plateforme permet de mener des expérimentations impliquant des cultures de bactéries et/ou de végétaux, ainsi que leurs suivis chimiques et biochimiques dans le cadre de recherches en dépollution des sols (Cs, Cu, Pb…).

Les approches sont à la fois fondamentales (mobilisation par des sidérophores microbiens de métaux du sol et transfert aux plantes) et appliquées (essais de phytoextraction conduits in vitro et in situ).
- Sélection de souches et de couples plante/bactérie(s) en fonction des sols et des polluants considérés
- Cultures bactériennes (cryo-collection d’une banque de souches telluriques): dénombrement (Fig. 2 gauche), isolement et purification, sélection, techniques de cultures par immobilisation, observations en microscopies (épifluorescence, MEB)
- Cultures végétales et co-cultures plantes/bactéries en milieux artificiels (Fig. 2 droite) et dans des matrices naturelles (sol, sédiment)
- Chimie élémentaire des sols et biochimie des organismes: sidérophores, marqueurs métaboliques bactériens de réponse aux pollutions et aux plantes.

Responsable : Pierre Gaudin  

Principaux équipements:

Microbiologie :
- Autoclave vertical de 85 Litres (Advantalge-Lab)
- Poste de Sécurité Microbiologique de classe 2 (Airstream)
- 2 Etuves bactériologiquesde 108 Litres (Memmert)
- 3 Agitateurs orbitaux...

Cultures végétales :
- Enceinte phytotronique FITOCLIMA 1200 Litres (Aralab)
- Etuve réfrigérée et éclairée FRIOCELL 222 Litres (MMM, Fig. 1)
- Enceinte de culture végétale éclai rée 500 Litres (Secret Garden)
- Station d’acquisition de température et d’hygrométrie (TFA)
- Pompe péristaltique (Heidolph)
- 2 pompes doseuses (Gamlen)

Moyens analytiques :
- Lecteur de microplaque (Thermo)
- pHmètre + agitateur magnétique (Mettler Toledo)
- Sonde conductimètriq
ue (Hanna

Fonctionnement :
- Systèmes de production d’eaux : désionisée (Maxy) et ultrapure (Millipore)
- Etuve 2 portes 1350 Litres (Memmert)

- Banque produits chimiques, milieux de culture et réactifs (115 références)
- Systèmes de filtration et de dialyse
- Bain-Marie et Balance (Radwag)...

Collaborations techniques:

Plateformes de chimie de l’UMR (ICP-AES, ICP-MS, Ablation laser)
Subatech - UMR CNRS 6457 (ICP-MS)
IMN - UMR CNRS 6502 (MEB-EDX)
LBPV - UPRES EA 1157 (Phytotrons)
MMS - UPRES EA 2160 (ICP-AAS)
IUT de la Roche sur Yon (Plateforme de Biologie Moléculaire : qPCR, TTGE)